Retracer les origines du CROIR, c’est d’abord remonter aux travaux du Groupe de recherche en sciences des religions de l’Université Laval. En effet, dans les années 1980, un vaste projet de recherche sur le vécu religieux des Québécois étudiait déjà des groupes comme les Témoins de Jéhovah, le Renouveau charismatique ou les communautés juives hassidiques de la région de Montréal.

Un second projet de recherche portant sur les croyances des Québécois introduisit au début des années 1990 le concept « d’innovation » dans le but justement de mieux comprendre les transformations du religieux. D’autres recherches ont porté sur les discours réincarnationnistes, puis sur le retour de la croyance aux anges. De ces divers travaux émergea l’idée de constituer une base de données destinée à faciliter les recherches sur les questions d’innovation religieuse. C’est ainsi que naquit le projet de Banque d’Information sur les Spiritualités et Religions Alternatives au Québec (BISRAQ), qui dut malheureusement être abandonné faute de ressources.

Pendant ce temps, afin de répondre aux demandes croissantes que les services diocésains de Québec recevaient à propos des nouvelles religions, les Sœurs du Bon Pasteur de Québec, à la demande des autorités du Diocèse, créaient en 1988 le Centre de consultation sur les nouvelles religions (CCNR). Au tournant de l’an 2000, après plus de dix ans d’efforts soutenus, l’équipe du CCNR décida de passer le flambeau et veilla à ce que d’autres puissent continuer d’assurer ces services de consultation et de références dans les meilleures conditions possibles. Un groupe d’étudiants et de professeurs de l’Université Laval s’y montra intéressé.

Il fut alors proposé que la Faculté de théologie et de sciences religieuses assurerait la gestion de ce centre, que le Regroupement des étudiants en sciences des religions (RÉSR) y serait associé de près et contribuerait à son fonctionnement journalier, que la Bibliothèque générale veillerait au traitement des collections. Le Bureau d’animation religieuse était également prêt à soutenir l’initiative.

En 2002, le projet obtint un accueil favorable du CCNR et un groupe de travail fut créé pour mettre en place les bases de ce nouveau centre. Au début de 2003, le « Centre de ressources et d’observation de l’innovation religieuse » (CROIR) était implanté au pavillon Ernest-Lemieux de l’Université Laval grâce à l’appui du Bureau d’animation religieuse. Il fut ensuite déménagé dans le local 936 du pavillon Félix-Antoine-Savard, avant d’être une fois de plus déplacé dans son local actuel au 6e étage du même pavillon. L’inauguration officielle du CROIR le 11 avril 2007 marque le début officiel d’un service unique au Québec.